Élie Aubouin est licencié ès lettres. Affecté à l’armée britannique en 1914, il est, après la guerre, détaché au Japon par le Service des œuvres françaises à l’étranger et enseigne pendant trois ans à l’École des langues étrangères de Tôkyô (1921-1924). Il demande par la suite à entrer dans les cadres de l’enseignement au Tonkin. Il est alors nommé professeur d’anglais au lycée Albert Sarraut à Hanoi. En 1926, sur sa requête, il est placé en congé hors cadre pour remplir les fonctions de membre temporaire de l’EFEO. Possédant des notions de langue et de littérature japonaises, il est envoyé en mission au Japon, afin d’entrer en relation avec les centres d’études philologiques. Il est finalement remis au Service de l’instruction publique en 1928.