Fils de soldat, élève de l'école militaire de La Flèche, Jean Commaille ne se présente pas à Saint-Cyr et semble renoncer à la carrière militaire pour se consacrer au dessin. Cependant, sans ressource, il finit par s'engager dans la Légion étrangère où il est nommé Garde principal de la milice cambodgienne, en janvier 1896. À l'issue de son engagement en 1898, il trouve un emploi au Cambodge dans les Services civils du Protectorat, comme commis auxiliaire de comptabilité. Il visite alors des temples khmers et séjourne notamment à Angkor en 1899.

En 1900, il entre à l'EFEO comme secrétaire-trésorier et se voit confier l'installation du premier musée de Saigon. Peu après, il doit assurer le transfert des collections à Hanoi, où seront désormais centralisés le siège de l'EFEO et les services administratifs du Protectorat. Il est parallèlement chargé d'organiser une fouille à Bassac, au sud-est de Phnom Penh (BEFEO 2). Il quitte l'École temporairement pour un travail mieux rémunéré dans une imprimerie, avant de retourner dans son administration d'origine, les Services civils.

En 1907, la rétrocession des provinces occidentales du Cambodge par le Siam place les monuments d'Angkor sous la responsabilité de l'École. Jean Commaille accepte alors d'en assurer la surveillance en tant que commis des Services civils en mission à Angkor, mis à la disposition du Commissaire de Battambang par un arrêté du 4 décembre 1907. Six mois plus tard (juillet 1908), il devient officiellement le premier Conservateur du site, chargé de la conservation et de la restauration des monuments d'Angkor. Sans attendre sa nomination officielle, il dresse avec E. Lunet de Lajonquière la liste des travaux de conservation à effectuer en priorité, notamment le dégagement d'Angkor Vat et du Bayon (BEFEO 7).

Dès le mois de janvier 1908, il envoie ses premiers rapports mensuels d'activité à Hanoi. Ces documents assurent un lien entre la direction de l'École et son représentant à Angkor ; ils sont aujourd'hui une source essentielle sur les travaux engagés par l'institution naissante. À partir de 1909, ces rapports administratifs sont doublés par la tenue d'un cahier (Journaux de fouilles) sur lequel sont consignées quasi quotidiennement les activités du Conservateur.

Ses efforts portent principalement sur le dégagement d'Angkor Vat (1908-1910) et du Bayon (1911-1914), mais aussi sur les chaussées nord et sud d'Angkor Thom (1910-1912), les Terrasses royales (1911) et les Preah Pithu (1912). Il entreprend enfin, au Baphuon, le débroussaillement du Bouddha couché (1908), les photographies de ses bas-reliefs (1912) et les premiers sondages (1915).

Peintre amateur, isolé de tout, Jean Commaille habite successivement dans un « bungalow » construit à proximité de la chaussée ouest d'Angkor Vat, puis, après le départ de son épouse, dans une petite maison à Siem Reap. C'est en se rendant sur les chantiers avec la paye de ses ouvriers qu'il est assassiné le 29 avril 1916. Jean Commaille est inhumé à proximité du Bayon, dans un caveau surmonté par un pyramidion érigé en sa mémoire. Trois de ses agresseurs sont condamnés à mort et exécutés à Phnom Penh tandis que son serviteur purge 18 mois de prison, pour s'être enfui après le meurtre.

Modeste employé de l'administration coloniale, Jean Commaille trouve à l'EFEO et à Angkor la possibilité d'accomplir une mission à laquelle, contrairement aux apparences, il était préparé. En effet, par sa formation militaire et ses liens avec les services du Protectorat, Jean Commaille donne à la représentation de l'École à Angkor son statut officiel. Il y impose la précision et la rigidité des méthodes de l'administration coloniale. À la « pacification » succède la « mission civilisatrice », qui passe au Cambodge par la renaissance du patrimoine architectural khmer : elle est perceptible dans les aquarelles de Jean Commaille, qui offrent invariablement une image grandiose de monuments abandonnés, auxquels l'action de l'École s'efforce de redonner vie. Représentant de son époque, les orientations de Jean Commaille ancrent l'action de l'École dans l'ambivalence, entre une mission administrative et un travail scientifique, qui permettent à l'institution d'avoir l'autorité et les moyens d'engager et de poursuivre la mise en valeur et l'étude d'Angkor.