Les premiers dossiers traitent de l’organisation générale des travaux archéologiques dans l’Annam. Par la suite, les dossiers sur les monuments et sites sont classés selon l’ordre géographique.

Organisation, classement et protection des sites : liste des monuments par province (s.d.), correspondance (mars 1924-août 1948), rapports des travaux de la Conservation de la Cochinchine (1943), arrêtés du Gouverneur général de l’Indochine (1944).

Gestion des enquêtes : répertoire de documents (s.d.).
Pratiques funéraires : actes authentiques en chinois et vietnamien (1903, s.d.), correspondance (mai 1903).
Enquête ethnographique : correspondance (décembre 1903, février 1904), liste des populations (s.d.).
Essai de statistique ethnique sur l’Indochine : correspondance (janvier 1903-mars 1904).
Moïs : carte postale avec photographie des Moïs en voyage (octobre 1909).
Diffusion de l'ethnographie en Cochinchine : extrait de notes pour le Gouverneur Général (juillet 1937), correspondance (octobre 1937, février 1938).
Cartes ethnographiques : correspondance (février 1937-février 1938), listes des provinces (s.d.).
Objets ruraux annamites : étude (juillet 1938, s.d.), correspondance (janvier 1939).
Alimentation et habitation des indigènes : correspondance (avril-juin 1939), étude (s.d.).
Culte des génies : étude (s.d), correspondance (avril-mai 1939).

Travaux ethnolinguistiques de D. Gaide dans la Chine méridionale et à la frontière sino-indochinoise, évaluation des travaux : rapports d'activité (mai 1899-juillet 1900), correspondance (septembre 1900).

Étude sur les indigènes de K.T.N par M. Alby, réponses à des demandes de renseignements : correspondance (mars 1901).

Crapaud à trois pattes : correspondance à propos de la statue du crapaud (juillet 1931).
Peuples du Sud de l’Indochine, questionnaire d'enquête (1912).

Enquête ethnographique organisée par l’EFEO en collaboration avec l’Institut d’ethnologie de Paris, organisation de l'enquête : correspondance (février 1932-mars 1938), note (s.d.).

Populations indochinoises, demande de renseignements sur les chiffres de la population indochinoise : correspondance (avril 1938).

Organisation et fonctionnement : extrait de rapport d’activité (novembre 1925), coupure de presse (janvier 1925), correspondance (janvier 1925-avril 1934), note (1934, s.d.), textes officiels (avril 1926-novembre 1929), rapports d’activité (juin 1928, octobre 1929, juillet 1930, mars 1931).

Correspondance (novembre 1937-juillet 1949), réglementation interne (février 1938), arrêtés du Gouverner général de l’Indochine (juillet 1939-mars 1943), programmes et listes des réunions (septembre 1939-décembre 1942), rapports de réunion (s.d.), coupure de presse (juin 1940-avril 1941), statut de nomination des membres (mars 1943), pièces comptables (janvier-avril 1941), rapport d’activités sur l’Institut de 1938 à 1945 [1945], pièces comptables (juin-novembre 1946), presse institutionnelle (s.d.)

Fonctionnement des cours : correspondance ( s.d), rapport sur les cours de doctorat (février 1911).

Organisation : plan de Saigon (1861), rapport (février 1900), correspondance (mai 1900-avril 1932), note (s.d.), presse institutionnelle (mars 1901), listes (s.d.), procès-verbaux (janvier 1904, s.d.), pièces comptables (mars 1918, février 1919), catalogue de livres (1914), inventaires des objets d’art et d’objets ethnologiques (1923, s.d.).

Notes sur l'inauguration du musée et sur son organisation (s.d.), allocution de George Coedès (s.d.), liste d'envoi des cartes d'invitation (s.d.), correspondance (février-mars 1932).
Organisation de la section ethnographique du musée : plans du musée (1949, s.d.), pièces graphiques (s.d.).