Pierre-Bernard Lafont suit les cours de formation à la recherche à l'EPHE et à l'Institut d'ethnologie de Paris, où il obtient, en 1951, le diplôme du Centre de formation aux recherches ethnologiques du CNRS. Suivront un diplôme de l'Institut d'études politiques, puis un doctorat en droit et ès lettres à la Sorbonne en 1963.

Recruté par l'EFEO en 1953, il séjourne d'abord à Hanoi, est affecté à Lai-Chau (Fédération tay), puis comme chef de poste d'études à Pleiku (Pays montagnard du Sud Indochine). Nommé en 1956 délégué de l'EFEO au Laos, il occupe ce poste jusqu'en 1966, année où il prend ses fonctions de directeur d'études de la chaire intitulée « Histoire et civilisations de la péninsule Indochinoise » à la IVe section de l'École pratique des hautes études.

Il est chargé d'un enseignement sur l'Asie du Sud-Est à l'Institut royal de droit et d'administration du Laos, de 1959 à 1963, ainsi qu'à la faculté des Lettres de Saigon, de 1963 à 1965. Après sa nomination à l'EPHE, il effectue annuellement, entre 1969 et 1975, des missions pour l'EFEO en Asie du Sud-Est. De 1989 à 1992, il siège au conseil scientifique et au conseil d'administration de l'École.

À l'EFEO, P.-B. Lafont mène de front deux types de travaux, d'une part des recherches bibliographiques, d'autre part des recherches ethnologiques et philologiques relatives à deux grands groupes humains : les Taï et les populations du Sud-Est de la péninsule Indochinoise parlant des langues appartenant à la famille austronésienne. Il établit un catalogue des manuscrits des pagodes du Laos, ainsi qu'une bibliographie exhaustive du Laos. Pour ce qui concerne les Taï, ses travaux portent sur l'exploitation des croyances prébouddhiques et du bouddhisme pour légitimer les appareils de pouvoir. Pour ce qui concerne les populations de langue austronésienne, il accomplit deux séjours en pays jarai, dont il étudie l'organisation socio-juridique et les rituels remontant à l'ancien Champa. Grâce à plusieurs voyages dans la région de Phan Rang et à de nombreux contacts avec des lettrés cham, il relance les recherches sur le Champa, délaissées depuis le début du XXe siècle, en les orientant vers une critique constructive du travail considérable accompli par quelques pionniers. La découverte de manuscrits inconnus permet, en effet, de remettre en question et de corriger un certain nombre d'idées reçues. C'est ainsi qu'il est à l'origine de la réhabilitation des Chroniques rédigées en écriture cham dite moderne, d'une réappréciation de l'organisation socio-politique des Cham depuis le XVIe siècle et de vues nouvelles sur les relations entre le Champa et l'Asie du Sud-Est. Ces activités le conduisent à regrouper autour de lui une équipe de chercheurs européens, asiatiques et américains. La relance de ces recherches sur le Champa lui vaut l'attribution du Prix Brunet par l'Académie des inscriptions et belles-lettres.