Les documents constituent une trace de son réseau de chercheurs avec lesquels il tenait une correspondance régulière. Pour son activité scientifique, témoignage de son goût pour la diffusion du savoir et son enseignement, on compte relativement peu de traces : pas de transcriptions des interventions orales ; aucun acte de colloque ; peu de photographies ou autres souvenirs directs. Les cartons d’invitation ne sont pas légion. 
Les documents retrouvés comprennent, à 45% au moins, des lettres, fruit d’échanges réguliers et produits à un rythme soutenu, entre Étienne Lamotte et ses relations.
Le fonds contient aussi des articles publiés dans des revues savantes, des diplômes et documents attestant d’une place de membre dans une société savante. Il nous faut aussi mentionner la place des travaux de traduction : on trouve des cahiers de traductions.

Documents diffusés par le Comité des Patriotes du Kampuchea Démocratique en France et consistant principalement en des traductions de discours de dirigeants du parti, revues et brochures photographiques.

La première page porte le titre "Description de Gia-Binh".
Indication manuscrite en marge, à l'encre bleue, en haut à gauche : "Souvenir de l'amiral Bonard : 1862/63. Fragments du Gia-Dinh thông chi (œuvre du haut mandarin Trinh-Hoai-Duc, règne de Minh-Mang). Traduit par le commandant Aubaret. Etait dans les papiers de l'amiral. Cette traduction a été ensuite imprimée".
Indication manuscrite, à l'encre bleue, en haut à droite : "Gia-Dinh = tranquillité parfaite. C'est la Basse-Cochin[chine]".
Les titres de paragraphes et de sous-chapitres diffèrent de ceux retenus dans l'édition imprimée de 1863. Il existe par ailleurs de très légers écarts dans le texte entre ce manuscrit et l'édition imprimée de 1863.

Les archives de la Conservation d’Angkor comprennent trois sous-fonds :

1. Administration générale : la correspondance, les relations avec l’EFEO, les autorités, les musées ou tout autre organisme ou institution, la gestion du site du Parc d’Angkor, le vandalisme, les incidents, etc.
2. Activités et recherches de terrain :
   • Les rapports de fouilles, aussi appelés rapports sur les travaux exécutés dans le Parc d'Angkor ou RCA : ils informent la direction de l’EFEO et le gouvernement du Cambodge des travaux et recherches en cours. Mensuels jusqu’en 1960, ils comportent parfois des synthèses trimestrielles, semestrielles ou annuelles. Après 1960, et jusqu’en 1973, ils deviennent annuels mais peuvent être doublés de rapports intermédiaires ou thématiques. Ils sont manuscrits jusqu’en 1927 puis dactylographiés. En 1960, à l'initiative de Bernard Philippe Groslier, la copie tapuscrite de certains rapports est entreprise. On retrouve donc pour plusieurs années un exemplaire manuscrit accompagné d'un ou deux exemplaires dactylographiés contemporains, puis deux ou trois exemplaires dactylographiés plus tardivement. Les rapports ont été numérisés au format JPEG et PDF. Les plans de grande taille qui étaient pliés et annexés aux rapports de fouilles ont été extraits, cotés et rangés dans des meubles à plans. De même, les photos des rapports d’avant 1957 ont toutes été extraites et sont conservées à la photothèque de l’EFEO. Après 1957, les photos sont conservées avec les rapports avec un conditionnement spécifique et adapté.
   • Les journaux de fouilles, aussi appelés JFCA : Ils sont parmi les éléments les plus importants du fonds. Il s’agit des journaux dans lesquels les conservateurs qui se sont succédés entre 1908 et 1955 ont noté jour après jour les activités et événements marquants de la Conservation d’Angkor : travaux, découvertes, visites, etc. Les journaux représentent 25 registres d’environ 300 pages manuscrites chacun. Ils sont numérisés aux formats JPEG et PDF. Il existe également des ensembles dactylographiés d’extraits rassemblés par site, ainsi que deux ensembles de microfiches conservés dans des boîtes spécifiques.
   • Les documents graphiques : La série des documents graphiques comprend près de 3500 plans et dessins majoritairement issus de l'atelier de dessin fondé par Bernard-Philippe Groslier à la Conservation d'Angkor. Ils ont été numérisés au format JPEG. Il s'agit principalement de plans des structures monumentales mais aussi de relevés cartographiques et topographiques, de relevés de fouilles, d'illustrations de procédés techniques ou de motifs décoratifs et d'épures de pièces archéologiques. Ils témoignent de l’avancement des chantiers, de l’emplacement des diverses interventions et permettent de comprendre les méthodes de restauration utilisées pour chaque monument. Les plans sont conservés dans quatre meubles à plans et 39 boîtes rectangulaires pour les très grands formats.
   • Les dossiers et documents rassemblés organiquement ayant traits aux travaux effectués sur les différents temples et site (exemple : travaux de dégagement, fouilles, découverte, etc.)
   • Les documents issus de l’activité scientifique des chercheurs : rapports de missions, rapports d’inspections de site, rapports dits « spéciaux » de Marchal, rapports d’expertise, etc.
3. Dépôt de la Conservation d’Angkor : le dépôt de la Conservation d’Angkor a entreposé les objets trouvés lors des dégagements et fouilles du site d’Angkor et ceux provenant de découvertes fortuites ou de saisies. Lors de leur entrée au dépôt, chaque pièce se voyait attribuer un numéro d’inventaire. La plupart des pièces ainsi enregistrées sont restées à Siem Reap, d’autres furent attribuées au musée de Phnom Penh ou, dans les années 1930, au musée Guimet. Jusqu’en 1945, les pièces d’importance secondaire purent être déclassées pour être vendues sur le marché libre par les soins de la Conservation. Enfin, l’inventaire du dépôt englobait également des objets laissés in situ (dont les plus importants furent mis à l'abri dans les locaux de la Conservation en 1970 et 1973). Les documents relatifs à ces fonds sont numérisés au format JPEG et classés en deux séries : les inventaires et la correspondance, et les fiches d’inventaires classées en plusieurs sous-séries par matériaux.

Enfin, il existe un fonds photographique conservé à la photothèque de l’EFEO. Il est composé de plaques de verre, de négatifs, de tirages sur papier et de diapositives. L'ensemble est numérisé au format JPEG. Voir les sources complémentaires.

Les archives de la Conservation Cochinchine-Cambodge comprennent trois sous-fonds :

1. Administration générale : deux dossiers de correspondances.
2. Activités et recherches de terrain :
   • Les rapports de fouilles : ils renseignent la direction de l’EFEO et le gouvernement du Cambodge des travaux et recherches en cours. Ils sont mensuels avec quelques rapports trimestriels.
   • Les journaux de fouilles : Au nombre de 2 registres de petits formats et un registre de grand format. Ils sont parmi les éléments les plus importants du fonds. Ils contiennent le récit, jour après jour, des travaux et recherches menés. Ils permettent la continuité du travail et est propre à la fonction de conservateur et non au conservateur lui-même. Ils ne concernent que la période allant de 1931 à 1933.

La collection Faivre a été rassemblée au début des années 1980 dans divers états de l'Union indienne. Elle comporte notamment un ensemble de 60 rouleaux peints du Bengale et du Bihar. S'y ajoutent des objets du quotidien (ustensiles, jouets, etc.) ou issus de l'art populaire et religieux (statuettes de divinités, notamment).

La collection d'images populaires vietnamiennes de l'EFEO est issue de collectes réalisées par des membres et des personnels vietnamiens de l'Ecole, dans les années 1950. Maurice Durand, Paul Lévy, Louis Bezacier, Trán văn Giáp et Trán Huy Bá ont ainsi constitué une collection de plus de 550 images.
Produits essentiellement pour la fête du nouvel an sino-vietnamien (fête du Tết), ces documents iconographiques sont mises en vente quelques jours avant la nouvelle année. D'autres périodes de production sont attestées, même si elles sont moins dynamiques (images d'automne, images de souhaits, etc.). Enfin, la collection comporte de nombreuses images religieuses, dont les techniques de fabrication sont identiques.
Les thèmes abordés par ces images sont variés : images religieuses, historiques, éducatives, images de beaux paysages, satiriques, de souhaits et images-talismans.
Imprimées par un procédé xylographique sur du papier journal, les images sont ensuite renforcées par contre-collage de plusieurs feuilles.

La collection est composée de statuettes en bronze (et une en bois laqué) illustrant les diverses entités du panthéon bouddhique tibétain avec différentes catégories de divinités (Bouddha historique, bouddhas transcendantaux, dharma-pāla, dakinῑ, entre autres) ainsi que les fondateurs de la secte des Ge-lug-pa.
La collection comporte en outre différents objets cultuels (conque, coupe libatoire, emblèmes, aiguière, vajra, cloches, etc.…) en différents matériaux, illustrant le rituel propre au bouddhisme tibétain. Elle contient également sept thang-ka (malheureusement très endommagées).
Dans son rapport de 2006, Caroline Riberaigua donne une première estimation des pièces comme datant vraisemblablement du XIXe siècle ou, pour les plus anciennes, de la deuxième moitié du XVIIIe siècle (règne de Qianlong, r. 1735-1796). Bien que les pièces soient supposées provenir du même lieu, elle remarque que plusieurs groupes stylistiques peuvent être distingués parmi les sculptures.

La collection réunie comporte sept grandes catégories de documents en lien avec la production d’imagerie populaire traditionnelle chinoise. Ainsi, l’on retrouve répartis principalement en huit sous-fonds:

1. Habits de divinités: représentations individuelles de divinités sur papier 相衣 (xiangyi) pouvant être exposées les unes à côté des autres pour constituer un panthéon ou un autel provisoire lors de cérémonies rituelles. Ces effigies étaient alors brûlées en fin d'usage, ce qui les rapprochent dans leur fonction des papiers d'offrandes.
2. Imagerie populaire: ensemble d’images populaires constituées d'estampes du Nouvel An 年畫 (nianhua) et de papiers découpés 剪紙 (jianzhi), aux fonctions décorative et auspicieuse et à coller lors des festivités de la fête du Printemps 春節 (chunjie).
3. Papiers d’offrandes: variété de papiers à brûler pour l'envoi d'offrandes aux défunts de l'au-delà et aux divinités du Ciel. Ces papiers prennent la forme d'imprimés (simples feuillets avec impressions de vœux et formules de bon augure 紙馬 zhima, faux papier-monnaie...), ou encore de papiers pliés (lingots 元寶 yuanbao d'or, cochon...).
4. Planches xylographiques: planches en bois gravées servant à l’impression des estampes sur papier. Certaines planches en bois de la collection se présentent avec une plaque de métal gravée sur leur surface selon le procédé moderne de galvanoplastie. Des outils (pinceau brosse, tampon à frotter, moule à bâton d'encre...) utilisés également dans le procédé d'impression accompagnent aussi ce sous-fonds. Enfin, des caractères mobiles complètent l'ensemble.
5. Documentation photographique: ensemble de photographies illustrant la technique xylographique utilisée dans la production des estampes à Yangliuqing 楊柳青 (Tianjin 天津), et dont une des estampes montrée en phase de production se trouve achevée dans le sous-fonds d'Imagerie populaire.
6. Recueils d'estampes: "catalogues visuels" rassemblant des modèles d’estampes.
7. Posters calendriers: affiches calendaires réalisées par technique lithographique datées des années 1920-1930 faisant la promotion d'un produit de consommation.
8. Varia: ensemble hétérogène d'objets relevant également de l'imagerie populaire traditionnelle chinoise.